Sau khi Wataru giải phóng toàn bộ 7 tầng núi thì cuộc sống đã trở lại yên bình. Nào ngờ thế lực hắc ám lại tiếp tục quay tay khiến cuộc sống bị đảo lộn. Một lần nữa, Wataru lại phải lên đường để chống lại thế lực hắc ám.
Daisuke Niwa là một cậu bé 14 tuổi với một khả năng di truyền đặc biệt: mỗi khi cậu nhìn thấy hay nghĩ tới một cô bé mà cậu thích, Risa Harada, cậu biến thành siêu trộm khét tiếng Dark. Satoshi Hiwatari là một học sinh chung trường với Daisuke và cặp song sinh nhà Harada, và cũng là người chỉ đạo đội cảnh sát điều tra về Dark.
Bộ truyện sẽ khám phá một vũ trụ thay thế cho bộ chính, và sẽ tập trung vào Kouji Ibuki, một nhân vật phản diện trong Cardfight !! Phim Vanguard: neon Messiah và Suiko Tatsunagi.
Jiyuu Nanohana đã trở lại với cuộc sống bình thường. Tuy nhiên, 1 hôm, trên đường đến trường, Jiyuu lại nhận được miếng che mắt Lovely Eyepatch ngày xưa. Lần này, Jiyuu lại phải tiếp tục cuộc chiến của mình trước những đối thủ mới: 1 là những đối thủ từ môn phái Yagyuu phương Bắc đến từ Siberia, và 2 là 1 nhân vật bí ẩn tự xưng là Jubei Yagyuu Đệ nhị - truyền nhân thực sự của phái Yagyuu Shinkage.
Utsutsu và Yume Hasegawa đã phải sống nương tựa vào nhau từ nhỏ. Một ngày, Yume nhìn thấy những con bướm màu đỏ và cơ thể của cô bé bắt đầu biến đổi! Câu chuyện cảm động về tình anh em bắt đầu