Cốt truyện xảy ra vào 10 năm sau của Yu-Gi-Oh phần đầu. Lúc này Yugi Muto đã trở thành một tượng đài bất diệt trong làng bài ma thuật. Nhân vật chính của series là Yuki Judai, một thiếu niên đam mê bài ma thuật quyết tâm trở thành Vua đấu bài. Cậu tham dự kỳ thi tuyển vào học viện đào tạo bài thủ Duel Academy và được xếp vào nhà Osiris Red.
Một ngư dân trẻ nhưng kinh nghiệm tên Musashi Kazama và hai người bạn của mình đi du lịch khắp thế giới để tìm kiếm bảy đối tượng bí ẩn của sức mạnh tuyệt vời gọi là “Legenders”, mỗi một trong các hình thức của một con cá huyển thoại được biết đến cho tất cả mọi người bắt họ sức mạnh để thay đổi thế giới.
Kỷ nguyên Holy Genesis . Năm 0011. Sau thảm họa Great Catatrophe dân số nhân loại đã mất đi 2/3. Lúc này chủng tộc Shadown Angel đã tỉnh giấc sau giấc ngủ dài 12000 năm và tấn công con ngườiĐể chống lại nó con người đã sử dụng sức mạnh của Mechanical Angel AquarionQuyết định số phận của thế giới giờ nằm trong tay của
Cốt truyện sẽ đưa khán giả đến năm 2138 trong tương lai, khi khoa học công nghệ phát triển vượt bậc và ngành game thực tế ảo đang nở rộ hơn bao giờ hết. Yggdrasil, một game online vô cùng phổ biến thời gian đó bỗng dưng bị đóng cửa đột ngột, nhưng nhân vật chính Momonga lại quyết định không thoát ra ngoài và khám phá những điều bí ẩn khi thế giới ảo quanh mình ngày một thay đổi.
Câu chuyện xoay quanh Ani, một công chúa đến từ quốc gia nhỏ, Inako. Ani được gửi đến một buổi ký kết sẽ mang lại hòa bình đến nước đối đích là Mildonia, một quốc gia quân sự, và Selefaren, một nước dân chủ hùng mạnh. Ani đáng lẽ phải đưa buổi ký kết diễn ra tốt đẹp, nhưng cô đã gặp phải rắc rối khi gặp phải những anh chàng hoàng tử.