Câu chuyện bắt đầu với Hiromi Maiharu, một cô gái mới chuyển từ Nagasaki tới Kamakura. Cô bắt đầu một ngày ở Kamamura và ở trường bằng cách đi xe đạp nhưng cô đã không đạp xe từ rất lâu. Trên đường dự lễ khai giảng đầu năm, cô đã gặp Tomoe Akitsuki và Tomoe đã giúp cô ấy luyện tập xe đạp cho tốt hơn.
Câu chuyện bắt đầu với Hundred, vũ khí duy nhất có thể chống lại các dạng sống Savage - bí ẩn tấn công Trái đất. Để trở thành một Slayer (bậc thầy của nghệ thuật quân sự), phải sử dụng Hundred này. Nhân vật chính Hayato Kisarai được đào tạo tại Little Garden.
Trường trung học Koudo Ikusei là một trường hàng đầu có uy tín với các cơ sở hiện đại, nơi gần như 100% sinh viên đi học đại học có việc làm. Các sinh viên ở đó có quyền tự do mặc bất kỳ quần áo hay chọn kiểu tóc mà họ muốn. Koudo Ikusei là một trường thiên đường, nhưng sự thật là chỉ có cấp trên của sinh viên được đối xử tốt.
Gần một nửa dân cư của Sakurada, một thị trấn nhỏ gần Thái Bình Dương, có một số quyền lực độc nhất. Những quyền hạn này có thể từ tâm trí của một con mèo, để đặt lại thế giới về một thời điểm nhất định trong quá khứ.
Câu chuyện xảy ra sau khi các sự kiện của Grisaia no Meikyuu. Kazami Yuuji đã bị giam giữ khi bị nghi ngờ có tham gia vào một tổ chức khủng bố quốc tế, cầm đầu là tên Heath Oslo, đã quản lý để nhập biên giới của Nhật Bản với một vũ khí mới tàn phá hủy diệt hàng loạt trong tay.