Câu chuyện diễn ra trong thành phố Lisvalletta có hai mặt trời, khi nhìn sơ qua thì bạn sẽ thấy đó chính là một thế giới yên bình nhưng bên dưới lớp yên bình giả lập đó chính là một thế giới ngầm đầy rẫy tội phạm và ma túy bất hợp pháp.
Vào những năm đầu thời Chính Hóa (một thời đại giả tưởng), để ngăn chặn những "thông tin độc hại có thể gây ảnh hưởng xấu tới xã hội", Đạo Luật Cải Thiện Văn Hóa Phẩm đã được chính phủ Nhật thông qua, cho phép Hội Đồng Cải Thiện thả sức tiêu hủy các ấn phẩm mang nội dung gây bất lợi cho họ. Để bảo vệ quyền tự do của mình, các thư viện đã tự vũ trang, thành lập Lực Lượng Thư Viện. Mâu thuẫn giữa hai bên càng lúc càng leo thang.
Persona 4 lấy bối cảnh tại một vùng nông thôn tưởng tượng ở Nhật có tên Inaba. Cốt truyện xoay quanh nhân vật chính là Yu Narukami, một thiếu niên từ thành thị mới chuyển về Inaba - và nhóm bạn của cậu. Tại Inaba bỗng nhiên xảy ra các vụ giết người hàng loạt huyền bí
vốn là một câu chuyện gồm những cuộc phiêu lưu của Akira, một võ sư đơn độc chợt mất khả năng chiêm tinh thần bí của mình. Đường đời buộc Akira phải lao vào những trận đấu võ đài với những nhà vô địch.
Levius trẻ tuổi từng bước đi lên trong thế giới tàn bạo của quyền anh robot, dưới sự hướng dẫn của chú mình. Các thế lực bên ngoài võ đài đều để mắt đến anh.