hế giới này đã không còn là cái thế giới mà tôi được nghe kể trong các câu chuyện trước đây nữa. Viễn Di Sinh Học - Một loại năng lực huyền bí bị nguyền rủa, hiện đang là thứ thống trị thế giới này. Nguồn gốc hây căn nguyên của nó, đến nay vẫn còn là một ẩn số.
Năm 2312 A.D. Bốn năm kể từ cuộc chiến cuối cùng của Celestial Being và Quân đội UN. Sau khi thiết lập một Tổ chức Liên Minh Toàn Cầu, một đội quân mang tên Arrows đã xuất hiện và hoạt động độc lập với Liên Minh Toàn Cầu, nhằm thúc đẩy việc hợp nhất nhân loại. Nhưng sự thật đằng sau việc hợp nhất ấy là sự đàn áp dã man những người chống đối chính phủ, các học thuyết gia và lý luận gia. Setsuna F. Seiei, sau khi thoát chết trong trận chiến bốn năm về trước, đã quay lại và tiếp tục chiến đấu cùng
Dựa trên trò chơi nhập vai hành động của trường COLOPL. Vào năm 2045. Thế giới đã bị ô nhiễm bởi Irousu (kẻ xâm lược bí ẩn đột nhiên xuất hiện), và con người thấy mình bị hạn chế và thế là chống lại những kẻ xâm lược là những cô gái bình thường ở khắp mọi nơi, không có quân đội hùng mạnh hoặc thậm chí vũ khí.
Ngày xửa ngày xưa, một kẻ thù không xác định, Unknown, bất ngờ xuất hiện. “Cơ quan phát triển đường sắt siêu tiến hóa” đã phát triển “Shinkalion”, một robot biến hình thành tàu cao tốc, như một biện pháp đối phó với mối đe dọa này.
Kojirou Shindou, một nhân viên ngoại vụ, tình cờ có mặt tại Sân Bay Haneda để chuẩn bị chuyến công tác. Giữa máy bay đang trên đường băng, bỗng chốc một khối kiến trúc đồ sộ xuất hiện từ hư không. Chiếc máy bay mang theo Shindou cùng 251 hành khách lạc vào bên trong khối kiến trúc đó. Tại đây Shindou gặp được một chàng trai trẻ, Yaha-kui zaShunina, và câu truyện bắt đầu.