Tháp giải trí Babel, một niềm hy vọng mới được tìm thấy bởi những người đã đánh mất niềm vui của ánh sáng khi các hoạt động của loài người bị hạn chế do biến đổi khí hậu quy mô lớn do mặt trời mở rộng gây ra.
Câu chuyện lấy bối cảnh ở vùng Sinnoh: Satoshi và Go gặp lại nhiều đồng đội hoài niệm như Hikari, gặp gỡ Pokémon huyền ảo mang danh là vị thần, Arceus cùng với bộ 3 Pokémon huyền thoại Agnome, Yuxie, Emrit.
ở thế kỷ 15 tại Pháp trong cuộc chiến suốt cả Trăm năm với nước Anh. Montmorency, con trai của một quý tộc, đắm mình trong việc học phép thuật và thuật giả kim tại một trường học dành cho các hiệp sĩ. Tuy nhiên, sau khi Pháp thất bại tại Agincourt, ngôi trường này đã tan rã và Montmorency buộc phải trốn chạy. Trong khi chạy, cậu gặp một cô gái thôn quê thần kỳ tên là Jeanne
Năm 2312 A.D. Bốn năm kể từ cuộc chiến cuối cùng của Celestial Being và Quân đội UN. Sau khi thiết lập một Tổ chức Liên Minh Toàn Cầu, một đội quân mang tên Arrows đã xuất hiện và hoạt động độc lập với Liên Minh Toàn Cầu, nhằm thúc đẩy việc hợp nhất nhân loại. Nhưng sự thật đằng sau việc hợp nhất ấy là sự đàn áp dã man những người chống đối chính phủ, các học thuyết gia và lý luận gia. Setsuna F. Seiei, sau khi thoát chết trong trận chiến bốn năm về trước, đã quay lại và tiếp tục chiến đấu cùng
Nhà phát minh thiên tài Null đã bị mất đi người chị gái thân yêu Peta trong một vụ tai nạn. Để vượt qua nỗi đau, Null đã phát triển "Peta Robo", một robot có đặc điểm giống như người chị đã mất của cô. Tuy nhiên, robot có một chút khác biệt so với những gì Null mong đợi.