Beast Saga diễn ra trên một hành tinh xa xôi trong thiên hà của chúng ta gọi là Beast, nơi có ba bộ tộc: Tộc biển, Tộc đất và Tộc bầu trời, họ chiến đấu vì danh dự của mình. Mỗi bộ tộc đều bảo vệ một một nguồn sức mạnh vô tận của các nguyên tố được gọi là Godlot
30 năm sau UC 0153, giờ đây là thời điểm cuộc chiến giữa Liên Bang Trái Đất và Crossbone Vanguard. Phe Liên Bang đang dần yếu thế trước dã tâm xâm lược Trái Đất của Đế chế Zanscare. Chỉ có tổ chức League Militaire đứng lên tham chiến bằng vũ khí bí mật của họ, Victory Gundam.
Câu chuyện lấy bối cảnh ở một thế giới hỗn loạn sau "Cuộc Chiến Cuối Cùng" của nhân loại. Một khu rừng vĩ đại, đầy rẫy những sinh vật rực rỡ và những con thú hoang dã khác đã bao phủ cả hành tinh
Câu chuyện xoay quanh Nyaruko, một quái vật Cthulhu có thể sử dụng hình dáng một cô gái tóc bạc có vẻ ngoài bình thường. Mahiro Yasaka là một học sinh trung học bình thường bị quái vật ngoài hành tinh truy đuổi, cho đến một ngày Nyaruko cứu cậu ta.
Vào năm 2050, một kĩ sư trẻ tuổi tên là Derrida Yvain đã trở nên nổi tiếng nhờ vào việc chế tạo nên "Cỗ máy di động DZ" tại Rebuild - công ty do cha anh sáng lập. Nhưng vào một ngày nọ, Derrida và đồng nghiệp Nathan của mình đã phát hiện ra một lỗi cực nghiêm trọng của "DZ"s. Họ cố báo cáo với cấp trên của mình nhưng đã bị lờ đi.