Một năm sau Đợt Nổi Loạn Đen (Black Rebellion), Zero, kẻ thù số một của Thánh Chế Britannia nay đã chìm vào quá khứ trong sự hả hê của Britannia cũng như sự tiếc nuối của người dân Nhật Bản. Trong R2, nội dung được mở rộng ra cả thế giới khi nói đến Liên Bang Trung Hoa và Liên Hiệp Châu Âu
Cốt truyện sẽ xoay quanh thời đại tương lai, các nhà khoa học đã chế tạo ra “con người hoàn hảo” để bảo vệ hòa bình nhân loại. Nhưng những “con người hoàn hảo” ấy đã bị bắt cóc bởi một tổ chức tội phạm nhằm thực hiện một mưu đồ
MARS RED diễn ra vào năm 1923 và lúc này, ma cà rồng (vampire) đã tồn tại được rất lâu. Nhưng bây giờ, số lượng vampire đang gia tăng nhanh chóng và một nguồn máu bí ẩn có tên là Ascra đã xuất hiện.
Vào lúc 10 tuổi, những người bạn thân nhất là Musashi và Kojiro đã ngồi lặng im trong phấn khích khi cha của Kojiro kể về những con quỷ độc ác săn người vô tội và những chiến binh đã đánh bại chúng. Cùng luyện tập kiếm thuật, cả hai thề sẽ trở thành người mạnh nhất trên thế giới
Cùng với "Mana", một công nghệ dữ liệu đã phát triển đến cấp cao và gần giống như ma thuật, loài người đã có thể chinh phục tất cả những cuộc chiến tranh, nạn đói, ô nhiễm, và nhiều vấn đề khác trên Trái Đất. Trái Đất đã có được hòa bình tuyệt đối và chẳng còn nhu cầu gì. Công chúa đầu tiên của đế chế Musurugi, Angelize. Cũng như bao người khác, cô cũng không có nhu cầu gì, và cũng chẳng lo lắng chi.