Các quốc gia trên toàn thế giới thành lập một liên minh để chống lại kẻ thù mới nổi của nhân loại Neuroi, kẻ mà chỉ những cô gái có sức mạnh đặc biệt mới có thể chống lại. Tuy nhiên, Neuroi không bao giờ xuất hiện. Thay vì chiến đấu, các phù thủy dành cả ngày nhàn rỗi.
Yuu Kusaka là 1 học sinh bình thường ,một ngày nọ gặp 1 cô gái tên là Eimu Yoake thế là cậu ta bị cuốn vô mấy trận đánh và coi đi rồi biết chứ kể ra hết hay.
Pokemon best wishes là câu chuyện mới nhất trong loạt phim hoạt hình Pokemon gắn liền với việc xuất hiện của Pokemon Black & White. Trong loạt phim này có nhiều sự thay đổi lớn, chẳng hạn Satoshi có thêm bạn đồng hành mới, nhóm Hỏa Tiễn trở nên chuyên nghiệp hơn, hệ thống Pokemon với tuyệt chiêu mạnh mẽ và đẹp mắt hơn. Sau khi khởi hành từ Takeshi và Hikari, Satoshi quyết định cuộc phiêu lưu của mình vào vùng đất của Isshu. Thực hiện các cuộc phiêu lưu mới của mình cùng pikachu và 2 người bạn
Câu chuyện kể về chuyến hành trình hướng tới ước mơ của Satoshi và Pikachu. Những đồng đội đã từng du hành trước kia như Kasumi và Takeshi, cũng như các Pokémon mà Satoshi đã từng thu phục và hình thành mối liên kết sâu đậm khắp các vùng cũng sẽ xuất hiện.
Câu chuyện của anime diễn ra tại một thị trấn nông thôn bí ẩn, nơi xảy ra những sự kiện kỳ lạ. Shizuru Chikura, một cô gái trẻ, đang tìm kiếm người bạn mất tích của mình.