Một ngày nọ, cậu học sinh cao trung mê game, cuồng kẹo Shiroyanagi Akira bị kéo vào một trận chiến bởi một cô gái bí ẩn tự xưng là Mion. Những người tham gia được thông báo rằng họ đã "bị xóa tên khỏi hộ khẩu gia đình, tham gia vào một thí nghiệm và được ban sức mạnh đặc biệt.
Amami Hibiki là một cô gái có thể nhìn thấy hồn ma và những hiện tượng siêu nhiên khác trong môi trường xung quanh mình. Những câu chuyện theo cuộc sống hàng ngày của cô với cả bạn bè của cô và các giới khác.
Một học viện trên hòn đảo mà không có con thuyền nào thèm qua lại. Ở đó, học sinh được đào tạo không ngừng nghỉ để chiến đấu chống lại kẻ thù cho nhân loại. Nhân vật chính, một học sinh mới được chuyển đến đó, cũng lên đường với ý định diệt trừ mọi kẻ thù cho nhân loại.
Abeno Masahiro là cháu nội của âm dương sư Abeno Seimei. Từ nhỏ Seimei đã dạy cho Masahiro tất cả những kỹ năng của một âm dương sư. Nhưng vào năm Masahiro lên 6, cậu bị mất ký ức và khả năng nhìn thấy linh hồn (ông nội cậu đã phong ấn con mắt âm dương của cậu).Từ đó trở đi, cậu bị mọi người chế giễu và xem thường, làm việc gì cũng không xong cho đến một ngày cậu gặp Mokkun. Với sự trợ giúp của Mokkun, cậu đã lấy lại được con mắt âm dương. Và rồi Masahiro đã lấy lại được tự tin và quyết tâm trở
Sau sự sụp đổ của tổ chức Museum, tuy việc sản xuất và phân phối Gaia Memory, thiết bị cho người sử dụng khả năng biến thành quái vật với sức mạnh to lớn, đã bị ngưng lại. Dù thế nhưng các Gaia Memory còn sót lại vẫn được bán tại chợ đen và tiếp tục gây ra những hiện tượng kì lạ cho thành phố Fuuto.