Phần 4 của bộ phim. Sau hơn 150 năm rơi vào bế tắc giữ hai siêu cường liên sao, Đế Quốc Ngân Hà và Liên Minh Các Tiểu Hành Tinh Tự Do, một thế hệ lãnh đạo mới đã xuất hiện: Thiên tài quân sự Reinhard von Lohengramm của phe Đế Quốc, và nhà sử học của phe Liên Minh, Yang Wen-li.
Một đêm nọ, một vật lạ rơi vào đầu của Nitta, một thành viên của yakuza. Trong chiếc hộp là một bé gái lạ lùng tên là Hina. Em có một sức mạnh siêu nhiên kinh hoàng, và Nitta cảm thấy mình bị miễn cưỡng chăm sóc cho cô bé. Sức mạnh của em sẽ giúp trong công việc yakuza của anh
Trong cốt truyện gốc của game, một idol ảo sử dụng những bài hát mà người dùng nhập vào đã có được nhận thức qua sự ảnh hưởng của cảm xúc và sự bất mãn với hiện thực của người dùng. Mong muốn cứu lấy loài người - cô tin rằng họ luôn đau khổ - cô sử dụng những bài hát để dụ mọi người vào thế giới ảo có tên là Mobius
Trong tưong lai rất xa, con người rời bỏ trái đã hoang tàn để chuyển đến một nơi gọi là "Thiên Đàng". Nhưng Thiên đàng đã bị sụp đổ sau một cuộc chiến tranh, buộc con người quay trở lại trái đất. Tuy nhiên, trái đất lúc này đã trở nên cực kỳ khắc nghiệt. Chỉ còn một phần nhỏ đất đai gọi là "Cực Đông" mà con người có thể sinh sống. Trước tình hình đó, con người đã tạo ra một thế giới song song tại đây để dân chúng tiếp tục an sinh. Tuy nhiên, thế giới này cũng bị va chạm với thế giới thật và sụp
Kojirou Shindou, một nhân viên ngoại vụ, tình cờ có mặt tại Sân Bay Haneda để chuẩn bị chuyến công tác. Giữa máy bay đang trên đường băng, bỗng chốc một khối kiến trúc đồ sộ xuất hiện từ hư không. Chiếc máy bay mang theo Shindou cùng 251 hành khách lạc vào bên trong khối kiến trúc đó. Tại đây Shindou gặp được một chàng trai trẻ, Yaha-kui zaShunina, và câu truyện bắt đầu.