Đây là phiên bản làm lại từ phim chiếu rạp cùng tên gồm 7 tập phim. Nội dung tập đầu tiên không có trong nguyên tác, kể về câu chuyện dẫn dắt vào vụ án mất tích người trên đoàn tàu Vô Tận và 6 tập còn lại sẽ bao quát toàn bộ nội dung phim chiếu rạp cùng tên kèm theo 70 phân cảnh và nhạc nền mới.
Câu chuyện kể về chuyến hành trình hướng tới ước mơ của Satoshi và Pikachu. Những đồng đội đã từng du hành trước kia như Kasumi và Takeshi, cũng như các Pokémon mà Satoshi đã từng thu phục và hình thành mối liên kết sâu đậm khắp các vùng cũng sẽ xuất hiện.
Cậu bé Jim Hawkins đã tình cờ tham gia vào một chuyến hành trình tìm kiếm kho báu huyền thoại của một tên cướp biển khét tiếng, Thuyền Trưởng Flint. Trên hành trình đến Đảo Kho Báu, sự thật về John Silver, người bạn thân nhất của Jim dần được sáng tỏ. Jim phải đối mặt và buộc phải vượt qua những xúc cảm hỗn độn của bản thân cậu.
Các vị thần đã xuất hiện khi nhân loại đang trên bờ vực diệt vong bởi những gì mà lũ quỷ đã làm với Trái Đất. Các vị thần đó được gọi là “Idaten” đã chiến đấu và phong ấn lũ quỷ dữ đó cách đây 800 năm.
Cốt truyện sẽ đưa khán giả đến năm 2138 trong tương lai, khi khoa học công nghệ phát triển vượt bậc và ngành game thực tế ảo đang nở rộ hơn bao giờ hết. Yggdrasil, một game online vô cùng phổ biến thời gian đó bỗng dưng bị đóng cửa đột ngột, nhưng nhân vật chính Momonga lại quyết định không thoát ra ngoài và khám phá những điều bí ẩn khi thế giới ảo quanh mình ngày một thay đổi.