Paradigm City, một thành phố của sự mất trí nhớ và một nơi thuộc về. Nó vẫn còn lưu hành bởi quá khứ lãng quên và tàn tích của người lao động của họ do thiên tai 40 năm trước đây. Bị che đậy trong một bí ẩn giống như sương mù, nó giống với những người như Roger Smith chiếu sáng qua sương mù.
Lấy bối cảnh vào năm 2029, một sự rạn nứt giữa các chiều đã mở ra, với những kẻ xâm lược chiếm lấy Nhật Bản như chúng ta đã biết. Bây giờ được đặt tên là Genkoku Nippon, công dân của nó đang chịu sự giám sát của Shinkoku Nippon. Mặc dù vậy, một nhóm nhỏ được gọi là Arahabaki chiến đấu để bảo tồn những thứ họ yêu thích bao gồm anime, manga và trò chơi điện tử.
Kunisaki Yukito, một khách lữ hành trẻ tuổi rong ruổi trên một chuyến hành trình dài từ đời này sang đời khác gặp gỡ ba người con gái kỳ lạ tại một thị trấn nhỏ ven biển, phải chăng một trong ba người chính là cô gái có cánh mà anh hằng tìm kiếm bấy lâu?
Cuộc sống của Ayato Kamina, chàng sinh viên họa sĩ 17 tuổi, bỗng nhiên gián đoạn bởi một kẻ theo dõi bí ẩn. Những chiến đấu cơ xâm nhập thành phố và một cỗ máy lạ xuất hiện. Một cuộc hành trình nội tâm đi tìm chính mình, khám phá những bí ẩn xung quanh cô gái huyền bí Reika Mishima, sự thật về sự tồn tại của MU cũng chiến binh thiên thần RahXephon.
Momo một nữ sinh cao trung tại thành phố Sorasaki. Nhưng đấy chỉ là vỏ bọc của cô thôi. Đằng sau thân phận học sinh, Momo chính là một điệp viên của cục tình báo Tsukikage - nơi bảo vệ thành phố và người dân. Dưới sự dẫn dắt của cấp trên Yuki và những người bạn của mình, họ cùng nhau duy trì trật tự hòa bình của thành phố này. Câu chuyện sẽ theo chân cuộc hành trình của 6 cô gái dũng cảm.