Khi còn là một cô bé, Kotoko đã bị youkai bắt cóc. Những youkai này đã biến cô thành kẻ trung gian mạnh mẽ giữa hai thế giới, nhân – yêu. Nhưng sức mạnh nào thì cũng phải trả cái giá đắt cho nó, một con mắt và một cái chân chính là cái giá mà Kotoko phải trả
Câu chuyện kể về Sakamoto Ryuta, một NEET thực sự (Vô học vô công vô nghề...) và cậu là người đứng top 1 trong game Btooom! và 1 lần khi cậu thức dậy thấy mình đang ở 1 đảo hoang xa lạ, và có 1 hình bóng lạ ném cho cậu một thứ gì đó và vật đó chính là 1 quả bom, chính nhờ đó mà cậu mới nhận ra rằng mình đã rời vào bên trong trò chơi Btooom! và một câu chuyện nặng mùi bom đạn bắt đầu!
Cha mẹ của Inaba Yuushi đã chết trong năm đầu tiên khi cậu học trung học, và cậu chuyển đến nhà họ hàng. Mặc dù họ quan tâm đến cậu, nhưng cậu luôn nghĩ mình là gánh nặng.
Kazuya Kagami không bao giờ đi bất cứ nơi nào mà không có "Sakura Obi" quý giá mà mẹ anh đã tặng anh. Một ngày kia, một cô gái xinh xắn, trang trí kimono tên là Kiriha xuất hiện trước mặt anh. Kiriha tự nhiên bắt đầu sống với Kazuya trong phòng của mình. Sau đó có Chisato, người bạn thời thơ ấu của Kazuya với cặp kính và một chú ngựa đuôi ngựa, người truyền thông vào các vấn đề của mình.
Câu chuyện xoay quanh nhân vật chính là Lord El-Melloi II, chính là Waver Velvet trong Fate/Zero đã trưởng thành và là người kế vị của Kayneth, cùng với người học việc của Lord El-Melloi II là Gray. Câu chuyện diễn ra tại Clock Tower – Trụ sở của hiệp hội Pháp Sư tại Anh. Tại đó, Lord El-Melloi II và Gray đã giải được nhiều vụ án bí ẩn của vùng đất phép thuật quanh hiệp hội Pháp Sư.