Trong phần này các tế bào phải làm việc trong một cơ thể có sức khỏe cực kì tồi tệ, hậu quả của việc uống bia rượu, hút thuốc, nạp nhiều cholesterol và bị căng thẳng nặng. Các tế bào trong môi trường cơ thể này cũng chịu vất vả hơn. và giới tính của hồng cầu bạch cầu tráo đổi cho nhau so với bản gốc
Mở đầu câu chuyện, Takemichi 26 tuổi, là một cậu thanh niên thất nghiệp, sống tại Tokyo nhận được tin cô bạn gái duy nhất của mình từ hồi sơ trung – Hinata qua đời trong một vụ ẩu đả giữa các băng nhóm tội phạm.
Câu chuyện sẽ kéo dài trong 1 thế kỷ và 3 thế hệ của Gundam Pilots. Vào năm A.G. (Advanced Generation) 101 — vài trăm năm sau khi con người có thể di trú ra những colony ngoài vũ trụ — Unknown Enemy [ Kẻ thù chưa được biết đến ] (UE) bất ngờ tấn công vào colony Angel và phá hủy nó. Thảm họa gây nên cái chết của vô số người đã được biết đến sau đó là "The Day the Angel Fell From the Skies." [ Ngày mà những thiên thần rơi xuống từ bầu trời ] 7 năm sau, cuộc chiến với UE xảy ra tại 1 colony yên
The Kingdom of Arandas Alliance and the Countries Unification of Ingelmia have been at war for many years. The situation has been at a stalemate across the fortress of the Great Wall, which has never been penetrated since the foundation of Arandas. The gate to the fortress has remained firmly closed, but when it creaks open, the complexity of war starts to change dramatically.
Lấy bối cảnh sau khi cả thế giới bị tàn phá bởi chiến tranh hạt nhân, dưới sự cai trị tàn bạo của Đế Chế Thế Giới, người dân bị đàn áp vô cùng tàn bạo. Một nhóm quân kháng chiến đã âm thầm chiến đấu nhằm đập tan ách thống trị của Đế Quốc trong khi tất mọi người đều bị cấm vũ trang.