Sao Hải Vương và những người bạn của cô ghé thăm Watashi no Natsuyasumi Yama (Núi nghỉ hè của tôi) tràn ngập thiên nhiên để tận hưởng kỳ nghỉ hè của họ. Bốn nữ thần, những người tụ tập sau một thời gian dài, đang có một thời gian vui vẻ như bình thường
Mew là một Pokemon huyền thoại, nắm giữ một sức mạnh vô địch, vượt lên trên các Pokemon huyền thoại khác. Một trung tâm nghiên cứu đã tìm được một hóa thạch sợ lông mi của Mew, lấy ADN và bắt đầu tái bản mang tên Mewtwo. Sau khi Mewtwo dc tái bản, vì không kiểm soát dc sức mạnh của mình, Mewtwo đã phá tan hòn đảo New Ilend, nơi mà các nhà nghiên cức khoa học đã tạo ra nó. Sau đó, một vài đối tượng đã lợi dụng sức mạnh của Mewtwo để thống trị thế giới. Mewtwo nhận ra là mình bị lợi dụng bởi con
Munich, nước Đức năm 1923, hai năm đã trôi qua kể từ ngày Edward Elric bị kéo đến thế giới song hành có tên là Trái Đất, rời xa thế giới của cậu cùng với những người thân và bạn bè đang sống ở thế giới đó. Edward đã cùng Alphonse Heiderich, một cậu thiêu niên trẻ với rất nhiều nét quen thuộc với em trai của Edward, nghiên cứu chế tạo tên lửa với hi vọng sẽ tìm được cách để trở về thế giới của mình một ngày nào đó.
Như thường lệ, bộ phim bắt đầu với cảnh lướt qua những Pokemon đã xuất hiện cho tới nay. Ash đang cũng Pikachu đánh một con Kurimugan. Trong khi đó, Musashi và kojiro trong bộ áo cải trang đang ngồi trên xe ô tô, hướng tới một đoàn tàu. Xa xăm trong vùng cỏ cao, Keldeo đang luyện tập với ba thầy của nó là Virizion, Terrakion, và Cobalon.
Kenji Koiso là một thần đồng toán học. Trong một ngày hè, một nữ học sinh lớp trên là Natsuki đã kéo cậu về quê của cô ta để "đi làm thêm". Tại đó, gia đình Natsuki đang tấp nập chuẩn bị lễ thượng thọ 90 tuổi cho bà Sakae, người lớn tuổi nhất trong gia đình. Và Kenji đã sớm phát hiện ra rằng công việc làm thêm của mình là giả làm bạn trai của Natsuki trong lễ thượng thọ ấy