Sau khi chiến đấu với kẻ thù của mình là Android Ryuga của Saint Andou Mahoro trở về bên Misato Suguru làm người giúp việc đáng tin cậy của cậu ấy. Ngay sau đó, một cô gái vụng về bí ẩn xuất hiện, tiết lộ mình là một android chạy trốn từ các tổ chức bí mật được gọi là “The Overseers”
Nhân vật Sakaido đang điều tra cái chết bí ẩn của một cô gái có tên là “Kaeru-chan”.
Mười năm sau khi IS đầu tiên được công bố,thế giới đã tiến vào 1 kỷ nguyên hòa bình. Tuy nhiên,hòa bình đó sớm tan vỡ bởi một phát hiện không thể ngờ. Một thiếu niên người Nhật 15 tuổi,tên là Ichika Orimura, được phát hiện rằng có khả năng điều khiển 1 IS. Nhận ra tiềm năng của cậu, bị chính phủ Nhật ép buộc,Ichika phải nhập học Học Viện Infinite Stratos uy tín, một trường học quốc tế nơi các phi công IS từ khắp thế giới vào học. Và cuộc sống là 1 học sinh bận rộn của cậu bị bao quanh bởi các
Morisato Keiichi rất mong đợi vào cuộc sống đại học của mình. Nhưng cậu có quá nhiều điều không may mắn, như ở clb, tình yêu, đời sống hàng ngày. Rồi một ngày cậu gọi nhầm số và rồi một nữ thần đến trước mặt cậu.....và định mệnh của cậu đã thay đổi từ đó.
Satonaka Ikko là thầy tu thực tập. Cậu đợc gửi đến Chùa Saien nơi bà Jotoku, bà của cậu đang làm trụ chì ở đó. Ở đó cậu phải luyện tập, tụng kinh… và 6 ni cô xấp xỉ tuổi cậu luôn bắt cậu phải làm việc vặt. Năng lực của cậu cực thấp, nhưng khi dã tính của cậu trỗi dậy thì cậu mạnh hơn bất cứ ai