Nằm phía bên dưới thủ đô Toyko, có tồn tại một thế giới vô cùng rộng lớn và chưa ai từng biết, được gọi là Thế Giới Ngầm. Ở đó mọi người đều sở hữu một sức mạnh điều khiển nguyên tố, là những người có khả năng kiểm soát được các nguyên tố : Lửa, nước, sét, từ tính, băng v.v.
câu chuyện tiếp theo của hai phần trước vô cùng thành công.Phần 3 này sẽ đưa đến thêm những nhân vật hoàn toàn mới với câu chuyện vẫn xoay quanh Makoto Naegi và bạn bè của mình.Kyoko Kirigiri, Yasuhiro Hagakure và Aoi Asahina và những người bạn mới sẽ phải trải qua những khó khăn và thử thách nào trong phần 3 đầy gay cấn này?
Bối cảnh phim là một phiên bản khác của thành phố Tokyo, nơi bị tàn phá bởi một cuộc tấn công gây chấn động của bọn khủng bố. Đầu mối duy nhất về danh tính của bọn thủ phạm chính là một video lạ được tải lên mạng. Không chỉ phải đau đầu vì đầu mối này, cảnh sát cũng đang bất lực trong việc ngăn chặn chứng Paranoia (chứng hoang tưởng) đang lan rộng xuyên khắp Nhật Bản.
Khi bậc thầy sát thủ Usui Yuen dò xét một loạt các vụ ám sát được thực hiện đối với đại gia tộc samurai, Satsuma, anh đã gặp Kurima Raizo, thành viên và là người còn sống sót sau một trong những cuộc tấn công.
Đây là phần cuối cùng của Initial D First Stage giờ đây Takumi và Shinji của trận đấu như vậy, khai mạc vào ngay lập tức. Shinji được đưa ra dẫn trước. Bunta bước ra khỏi cửa hàng đậu phụ và phá vỡ keypouch của mình sau khi vô tình bị rơi xuống. Bunta đoán một sự kiện không may sẽ xảy ra.