Phim lấy đề tài những năm 1960 sau chiến tranh ở Nhật để viết nên một lịch sử khác, nơi mà một lực lượng siêu cảnh sát được thành lập để chống lại các phần tử khủng bố. Tồn tại bên trong lực lượng siêu cảnh sát đó là một đội ngũ hoạt động độc lập được gọi là Wolf Brigade (Lữ đoàn sói). Nhân vật chính Fuse là một người thuộc lực lượng đó, trong một lần làm nhiệm vụ anh đã chứng kiến cảnh 1 cô gái tự giật nổ quả bom ngay trước mặt mình.
Thời kỳ của những nguy hiểm, âm mưu và lừa lọc. Kibagami Juubee, một ninja vô chủ phiêu bạt đơn độc và nhận làm thuê cho những kẻ có vàng hoặc một nguyên nhân xứng đáng. Juubee đã chạm trán một nhóm ninja quái vật và cuộc sống lang thang của anh bắt đầu bị đe dọa.
Nôbita tình cờ gặp một chú chó kì lạ và đặt tên cho nó là Pêkô (ペコ). Chú chó này đã tìm ra một bức ảnh vệ tinh về một vùng đất bí ẩn ở châu Phi. Cả nhóm Đôrêmon quyết định lên đường khám phá vùng đất ấy. Không may, Cánh cửa thần kì ở sân bóng bị đốt cháy, cả nhóm không trở về được.
Câu chuyện đầu tiên là điều tra vụ giết thủ tướng, cùng lúc kết nối với sự kiện đại sứ quán bị khủng bố. Trong quá trình đi điều tra để tìm mấu gắn kết hai sự kiện cùng lúc ấy, trong quá trình điều tra tổ đội đặc biệt của thiếu tá Kusanagi phát hiện ra nhiều bí mật động trời xoay quanh con virus Fire Starter, cùng sự thật sau cái chết của thủ tướng.
Những cư dân ở đây tin rằng thế giới của họ là thiên đường. Dưới sự quản lý của Sanctum, Cocoon đã có nền hòa bình và thịnh vượng một thời gian dài. Nhân loại được những người bảo vệ nơi đây phù hộ, những falCie nhân từ và họ tin rằng những tháng ngày yên bình ấy sẽ kéo dài mãi mãi.