Câu chuyện nói về Nyaruko, một vị thần hỗn mang bất thể, đã biến mình thành 1 cô gái tóc bạc ngây thơ bình thường.Mahiro Yasaka là 1 học sinh cao trung bình thường, cho đến 1 ngày bình thường kia cậu bị truy đuổi bởi người ngoài hành tinh và được Nyaruko cứu.
Một kỹ sư trẻ, Tetsurou Okino, được chuyển đến một công ty tiêu diệt sâu bọ tên là Hato Industries cùng với robot Bullbuster mới do chính anh phát triển. Ở đó, Hato Industries, một công ty nhỏ có ít tiền và chủ tịch Tajima của nó đang chống lại một sinh vật bí ẩn.
Câu chuyện của trò chơi kết hợp nhiều cách chơi khác nhau, vì vậy người chơi phải chơi nhiều lần để tìm hiểu chuyện gì đã xảy ra và nhìn nó từ các quan điểm khác nhau. Do đó, Nó khám phá các khái niệm triết học nghiêm túc và thúc giục người chơi suy ngẫm về vị trí của họ.
Câu chuyện xãy ra vào năm 2055. Chiến trường lần này là thế giới mô phỏng Trái đất được gọi là Second World. Những trận đấu trong phần này được gọi với cái War Time.
Câu chuyện của light novel tập trung vào phi đội số 666 vào năm 1983, 18 năm trước các sự kiện trong series light novel Muv-Luv Alternative: Total Eclipse. Cả hai đều là phần phụ truyện của visual novel Muv-Luv Alternative do hãng Age phát hành vào năm 2006.