Sau khi thực hiện giao ước của mình với Gajari, Kouga Saejima -nhân vật chính- thực hiện chuyển đi đến Vùng đất hứa để thu hồi Thán Nha (Nhật: 嘆きの牙 Nageki no Kiba?) -một phần cơ thể của Gajari- để hoàn thành giao ước. Trong chuyển hành trình, anh bị tước mất áo giáp và trang bị, đồng thời gặp gỡ một cô gái da xanh bí ẩn tên là Meru.
Thời gian trôi qua thật bình yên với Maleficent và Aurora. Mặc dù mối quan hệ của cả hai được tạo dựng từ những tổn thương, thù hận rồi sau đó mới đến tình yêu thương nhưng cuối cùng thì nó cũng đã đơm hoa kết trái.
Neo, Morpheus, Trinity và các đồng sự còn lại của mình tiếp tục cuộc chiến với những người nổi dậy của đế chế máy móc. Giờ đây ngày càng nhiều có nhiều con người được đánh thức khỏi ma trận và họ cố gắng để trở về với cuộc sống thực của mình. Và mặc dù ngày càng nhiều người được trở về với thực tại bọn người máy vẫn nổi dậy và cuộc chiến đã diễn ra tại thành phố Zion, thành phố duy nhất mà sự sống của loài người còn tồn tại.
nói về một tương lai xa, nhà lãnh đạo bất tử Bionic sản phẩm của kỹ thuật di truyền, đã cai trị vũ trụ trong 200 năm. Một cuộc nổi dậy đang được tổ chức bởi những người bảo tồn sinh sản tự nhiên.
Trong thế giới tương lai, con người phải chịu sự kiểm soát ngặt nghèo của các bộ máy chính phủ tự động hoá và họ phải có một thẻ thông hành đặc biệt để đi từ nơi này sang nơi khác