Emiya Shirou là một pháp sư trẻ đang theo học tại Học viện Homurahara ở thành phố Fuyuki. Một ngày sau khi dọn dẹp Trường đào tạo Bắn cung ở trường học, Cậu bắt gặp một cuộc chiến giữa các sinh vật siêu nhiên, và cậu tham gia Chiến tranh Chén Thánh, một nghi thức mà các pháp sư gọi là Master đã đánh nhau với Servant của mình để giành Chén Thánh.
Sau một cuộc tranh cãi, Nôbita và nhóm bạn quyết định quay về quá khứ vào thời điểm Kỷ Phấn trắng nhưng lại bị đưa về quá xa so với dự tính. Họ đã gặp phải những sinh vật thời tiền sử và một chú khủng long con được sinh ra từ quả trứng mà nhóm bạn tìm thấy trên hành trình đó
Câu chuyện về hòn đảo Hand được thiết lập một chút trước các sự kiện trong One Piece Movie Z. Đặc biệt cũng sẽ có một cảnh hồi tưởng đến những câu chuyện trong chương đầu tiên của manga.
Khi những đứa trẻ được tuyển chọn (DigiDestined) đang tận hưởng kỳ nghỉ hè của mình, một sự cố đã xảy ra. Một loại virus mới đang tấn công trên hệ thống mạng hóa ra lại là một chủng Digimon mới. Những thiệt hại nó gây ra đang tăng dần theo cấp số nhân, trong khi các đứa trẻ được chọn lại tận hưởng hơi quá mức kỳ nghỉ của mình.
Mihara Shouma là một học sinh cao trung năm nhất. Shouma đã không gặp người bạn tốt của mình Atsushi trong ba năm rưỡi, kể từ khi họ mất liên lạc với nhau sau khi tốt nghiệp tiểu học. Một ngày nọ, Atsushi liên lạc với Shouma để mời anh đến một lễ hội hiếm hoi, để họ có thể gặp gỡ và nói chuyện. Shoma đi đến "Lễ hội Thất tịch" sâu trong núi, nhưng Atsushi lại không có ở đó.