Câu chuyện diễn ra trong thế kỷ 21. Do thực tế rằng ô nhiễm đã trở thành một vấn đề lớn, các nhà khoa học đã phát triển việc sử dụng nhiên liệu hydro được gọi là HBT như là một thay thế cho nhiên liệu hóa thạch. Vào thời điểm này, con người đã xâm chiếm sao Hỏa để tìm kiếm địa điểm mới để gọi về nhà là kết quả của sự bùng nổ dân số.
Ninja tưởng chừng như đã bị tiêu diệt sau Thế chiến thứ 2 nhưng thực ra họ vẫn còn tồn tại cho đến ngày nay, chỉ là không thực hiện nhiệm vụ công khai mà thôi.
Saiki Kusuo có một mảng rộng của các siêu cường tại lệnh của ông, trong đó có thần giao cách cảm và Telekinesis. Điều này có vẻ tuyệt vời, nhưng theo kinh nghiệm của Kusuo, siêu cường là không phải tất cả họ đang nứt lên được. Anh ta cố gắng sống một cuộc sống bình thường, mặc dù khả năng gây phiền nhiễu mình.
Đã có nhiều trường hợp các bài hát bị đánh cắp xảy ra ở quận Yokohama gần đây của các thần tượng. Ngay cả siêu thần tượng Marine Amagi ca khúc hit của "Kiseki no Uta" cũng đã bị lấy đi. Theo yêu cầu của Marine, nhóm Milky Holmes bắt đầu điều tra vụ việc.
Rean Schwarzer, một giáo sư tại Học viện quân sự Thors ở Đế chế Erebonian. Câu chuyện của anime sẽ tập trung vào phần phía tây của lục địa Zemurian có trong trò chơi