Trong câu chuyện, Kōya Asumi là một sinh viên đại học năm thứ tư, đồng thời là người giúp việc. Kōya bắt đầu làm việc cho người cha đơn thân Keiichi Naruse, và mối quan hệ dần dần phát triển giữa hai người...
Jin quyết định dùng một khúc của cây thần đã bị đốn để làm một bức tượng cho triển lãm toàn trường, và trong lúc mang nó ra ngoài, bức tượng liền bám chặt mặt đất, và từ đó hóa thành một cô gái rất dễ thương. Cô ta tên Nagi, một linh hồn Shinto (神道 - Chi tiết xem tại đây), vị thần bảo hộ của vùng đó.
Câu chuyện xoay quanh Shidou Itsuka, một học sinh trung học bình thường. Một ngày nọ, cậu bắt gặp một tinh linh đến từ một thế giới khác. Cô gái này được Shidou đặt tên là "Tohka". Khoảng 30 năm về trước, Tohka đã từng hủy diệt rất nhiều vị trí quan trọng ở Trái Đất và nay cô lại một lần nữa xuất hiện. Cách duy nhất để ngăn cản Tohka chính là tình yêu.
Shion no Ou dựa theo câu chuyện của Yasuoka Shion, một cờ thủ 15 tuổi của cờ Shougi với một quá khứ bi kịch. Cha mẹ của Shion đã bị sát hại dã man trước mặt cô khi cô mới 5 tuổi. Kẻ sát nhân ngồi xuống và thách đấu Shougi với cô, nếu cô muốn sống sót, cô nên quên cách nói chuyện, và quên những gì đã xảy ra đêm đó.
Cách đây 1 năm, một con tàu vũ trụ đã rơi ở Vịnh Tokyo. Bởi vì những người ngòai hành tinh không thể trở về nhà, họ đã được chấp nhận trở thành những công dân Nhật Bản. Và họ được gọi là DearS, nghĩa là “Dear Friends”. Để học ngôn ngữ và tập quán Nhật Bản họ vào học ở các trường trung học bình thường như con người.