Qua đời vì bạo bệnh ở tuổi 39, Machio Hiraku được trao cơ hội đến một thế giới khác, khi được hỏi nếu được Chúa ban cho sức mạnh thì điều ước của anh là gì, anh đã ước có một cơ thể khỏe mạnh, điều ước thứ hai, anh chọn cách sống yên bình, điều ước thứ ba là có thể biết tiếng địa phương, và điều ước cuối cùng là được làm nông dân.
Trong suốt cuộc nội chiến giữa hai miền Nam-Bắc, phe phương Bắc đông hơn đã sử dụng ma thuật đen để biến ra những chiến binh có sức mạnh kinh khủng được gọi là chiến binh thần thánh. Giờ đây, chiến tranh đã kết thúc, những người mang sức mạnh ấy vẫn mang hình dạng quái vật, họ phải cố hoà hợp với xã hội thời bình, nếu không thì họ sẽ bị giết dưới tay thợ săn quái vật.
Được chuyển thể từ game Phim diễn ra trong một thế giới đầy “Light” và tuyệt vọng. “Quân đoàn nhân dân Mobile” là thực thể duy nhất có thể đứng lên chống lại 10 “Light” để giữ cho thế giới không gặp sự tận diệt.
Cốt truyện của Atom The Beginning diễn ra tại Nhật Bản sau một cuộc đại tai vạ. Trong thời điểm hoang tàn đó, có 2 thiên tài luôn mơ về tương lai, đó chính là Umatarou Tenma và Hiroshi Ochanomizu. Cả hai đã làm việc ngày đêm trong phòng nghiên cứu robot - Tenma tạo ra "thần" và Ochanomizu tạo ra "người bạn".
Makoto Mizuhara đang thực hiện thí nghiệm mới nhất của mình trong phòng thí nghiệm khoa học của trường, nhưng khi anh ta nghỉ giải lao, đối thủ trọn đời của anh ta, Katsuhiko Jinnai xuất hiện và cố gắng phá hủy thiết bị và làm mất uy tín của Makoto