Tiến sĩ Saotome trở về từ cõi chết sau khi bị giết bởi phi công Gare Nagare Ryoma và đe dọa thế giới với sự sáng tạo tối thượng của ông: Shin Dragon. Ryoma miễn cưỡng hợp tác với cựu đồng nghiệp của mình là Jin Hayato và Tomoe Mushashi để chống lại Dr. Saotome.
Vào một mùa đông nọ, cậu bé Kay tình cờ bị mảnh thủy tinh của nữ chú tuyết đâm vào mắt khiến cậu bé quên đi tất cả, kể cả cô bạn thân Gerda và đi theo nữ chúa tuyết. Để cứu Kay, Gerda phải đến lâu đài của nữ chúa tuyết lấy bằng được mảnh thủy tinh đó ra khỏi mắt cậu bé
câu chuyện diễn ra trên một hòn đảo, nơi một “Hệ thống Fractale” đang bắt đầu sụp đổ. Một ngày nọ, Clain tìm thấy một cô gái bị thương gọi là Phryne dưới một vách đá. Cô biến mất để lại một mặt dây chuyền. Clain đặt ra cho một cuộc hành trình với những cô gái có hình avatar Nessa để tìm Phryne và phát hiện ra bí mật của hệ thống Fractale.
Arsène Lupin III, cháu nội của siêu đạo chích huyền thoại Arsène Lupin, được mệnh danh là tên trộm xuất chúng nhất thế giới, nổi tiếng với việc thông báo trước những vật báu quý giá mà mình sẽ định lấy đi cho chủ sở hữu của nó.Trợ thủ đắc lực và cũng là đồng minh thân cận nhất của Lupin là Daisuke Jigen, một thiện xạ - người có thể rút súng hạ gục mục tiêu trong vòng 0.3 giây. Mặc dù Lupin và Jigen thường xuyên làm việc theo nhóm hai người, nhưng đôi khi họ cũng xuất hiện cùng với Goemon
Ở Akihabara, khu vực mua sắm bị xâm chiếm bởi những sinh vật gọi là "Synthisters", chúng săn những người bảo vệ Akihabara để ăn năng lượng và sống sót. Kẻ thù "Synthisters" sẽ bị đánh bại khi tiếp xúc với ánh nắng mặt trời, vậy nên phải lột quần áo chúng.