Thời đại Mạc Phủ. Nơi Kinh Đô không còn là Kyoto, mà là Edo. Một câu chuyện xoay quanh cuộc đời và sự nghiệp chiến đấu của các thành viên trực thuộc Tân Đảng-Tân Tuyển Đảng (Shinsengumi). Với chữ “Thành” thêu trên cờ xí, những kiếm sỹ Tân Đảng coi cái chết nhẹ tựa lông hồng, mục tiêu của họ chính là bảo vệ trị an của một thời đại sắp sửa lụi tàn nhường bước cho Minh Trị thời đại.
Trong phần này các tế bào phải làm việc trong một cơ thể có sức khỏe cực kì tồi tệ, hậu quả của việc uống bia rượu, hút thuốc, nạp nhiều cholesterol và bị căng thẳng nặng. Các tế bào trong môi trường cơ thể này cũng chịu vất vả hơn. và giới tính của hồng cầu bạch cầu tráo đổi cho nhau so với bản gốc
Cậu thiếu niên Tandoji Alma đang sống cuộc đời cô độc, bị bạn bè xa lánh ở một thành phố cảng thuộc vùng Kantou thì bỗng dưng Aiba Ruri - một cô gái lạ mặt đến xin nhờ cậy sức mạnh "Sacred Seven" mà cậu sở hữu. Tuy vây, Alma ngay lập tức từ chối, vì trong quá khứ sức mạnh này dã từng bị mất kiểm soát, khiến cậu đả thương rất nhiều người xung quanh.
Endou Mamoru là thủ môn trường Raimon. Endou phải đi chiêu mộ thành viên và nếu không muốn câu lạc bộ xảy ra chuyện thì xem sẽ rõ. Nhờ vào sự nhiệt tình của Endou Mamoru, CLB bóng đá trường trung học Raimon đã không bị giải tán và dần trở nên tốt đẹp hơn. Đội bóng trường Raimon đã đánh bại nhiều đội bóng mạnh và hướng tới trận chung kết.
Sau khi 12 Vị Thánh Vàng hy sinh mạng sống của mình để phá hủy Bức tường than khóc, Các vị thần Đồng bước vào cõi sâu nhất của Địa ngục, Elysion, nơi họ đối mặt với hai người đầy quyền năng nhất của Hades: Hai vị thần, Hypnos và Thanatos, trước khi họ có thể với Hades cho trận chiến cuối cùng.