Bối cảnh phim diễn ra tại Tokyo năm 1969. Trái đất đang bị tấn công bởi những kẻ xâm lược (Invader).. Tuy nhiên công chúng lại không hề biết điều này. Để chống lại những cuộc tấn công của Invader, một tổ chức bí mật là A.E.G.I.S đã được thành lập.
Câu chuyện xoay quanh nữ sinh trung học Shio Ogura đến thăm Đài Loan trong một chuyến dã ngoại của trường, và bất ngờ bị những quái vật mang tên "Evolved Invaders" tấn công. Quân đội không có cách nào chống lại chúng, nhưng giữa lúc hoang mang, những đặc vụ E-Gene Holder bí ẩn thuộc cơ quan chính phủ DOGOO xuất hiện.
Quỷ Cốc truyền nhân – quý tộc nước Hàn là Vệ Trang, 12 năm trước vốn là đồng môn sư đệ với Cái Nhiếp, lúc nào cũng nung nấu ý định đánh bại Cái Nhiếp, đoạt lấy danh hiệu đệ nhất kiếm. Vì vậy y đã bất chấp nhục thân, tu luyện cấm thuật của Quỷ Cốc phái, thực lực cao thâm khôn lường. Lý Tư dùng Cái Nhiếp làm mồi nhử, dụ Vệ Trang xuất kích.
Câu chuyện diễn ra với bối cảnh cận trung cổ, khi các phù thủy đều bị giáo hội săn lùng vào thiêu sống. Gái đẹp thiên tài ma nữ Zero cùng cùng chàng linh đánh thuê người thú hóa lên đường đi tìm lại quyển Book of Zero, vốn do gái đẹp Zero viết ra nhằm khiến thế giới tốt đẹp hơn nhưng lại bị sử dụng sai mục đích ban đầu
Hinata Shouyou - anh main, sau khi xem xong 1 trận bóng chuyền nọ, đã thần tượng và mơ ước trở thành "Người khổng lồ tí hon", và gia nhập đội bóng chuyền của trường trung học. Sau khi tìm đủ thành viên, họ đã tham gia giải đấu liên trường, tại đây họ đã chạm trán với "Vua sân đấu" Kageyama Tobio và bị dập cho tả tơi. Dù thua nhưng Shouyou vẫn quyết tâm lên top và trả đũa Kageyama.