Musashi sống với cha mình. Mẹ của cậu đã rời đi ba năm trước đây. Musashi tin rằng bà sẽ quay trở lại với họ. Một ngày họ chuyển từ Tokyo đến một ngôi làng ở nông thôn. Musashi ghét sống ở nông thôn và yêu cầu cha của mình để đưa cậu ấy trở lại Tokyo.
Câu chuyện này nói về hàng ngàn năm sau trong tương lai. Những người dân của Trái đất đã quên cuộc chiến tranh không gian của quá khứ, quay trở lại với một sự tồn tại công nghiệp
500 năm trước, tại một vùng đất màu mỡ, lãnh chúa Karasumori đã mang trong mình một sức mạnh kỳ bí mà chính ông cũng không hề biết được, chính nguồn sức mạnh đó đã muốn hút những con yêu quái đến, làm cuộc sống của người dân trong thành không khi nào được yên ổn. Họ đã mời một vị pháp sư đến để diệt trừ, pháp sư Hazama Tokimori sư tổ hệ phái Hazama. Lượng yêu quái đến càng nhiều thì chính ông cũng không thể ngăn chặn lại,rồi ông lâm bệnh nặng. Và một ngày tất cả người dân trong thành đều mất
Câu chuyện kể về những chuyến hành trình của nhà thám hiểm trẻ Kino và chiếc xe mô-tô biết nới Hermes của mình. Trong suốt cuộc phiêu lưu, họ gặp gỡ và làm quen với nhiều người ở nhiều vùng văn hóa khác nhau, và mỗi nơi họ đều chỉ dành ra 3 ngày để ở lại.
Nhóm Takuya đanh trên chuyến hành trình của mình thì bị lạc đến Đảo Lang Thang. Khi Takuya, Tomoki, Junpei,, Bokomon và Neamon tỉnh lại thì gặp được Kotemon. Ngay lúc đó, các Digimon tộc thú được lãnh đạo bởi Hippogriffomon đến tấn công tộc người do Darrcmon lãnh đạo.