Trong cuộc chiến tranh nổ ra giữa mối bất đồng ngoại giao giữa Đế Quốc Britannia và Nhật Bản, sau khi bị đánh bại Nhật đã trở thành một thuộc địa của Britannia và đổi tên thành Khu Vực 11, còn người nhật thì bị gọi Eleven, Lelouch Lamperouge tên thật là Lelouch Vi Britannia cùng em gái Nunnally Vi Britannia bị cha đưa sang Nhật.
Makoto Mizuhara đang thực hiện thí nghiệm mới nhất của mình trong phòng thí nghiệm khoa học của trường, nhưng khi anh ta nghỉ giải lao, đối thủ trọn đời của anh ta, Katsuhiko Jinnai xuất hiện và cố gắng phá hủy thiết bị và làm mất uy tín của Makoto
Pastry Mille Morteln, 9 tuổi, mong muốn trở thành một thợ làm bánh chuyên nghiệp. Cậu có ước mơ về một vùng đất có đầy đủ các loại bánh thơm ngon, ngọt ngào. Nhưng trước đó, cậu còn rất nhiều việc phải làm! Từ việc học cách chiến đấu, đến việc điều khiển phép thuật cố gắng hết sức để bảo vệ ngôi làng của mình khỏi bọn cướp.
Trong một thế giới chuộng vẻ bề ngoài, một học sinh cấp ba lạc loài sống cuộc sống hai mặt bằng cách thay phiên dùng hai cơ thể có ngoại hình đối lập hoàn toàn.
Đột ngột rơi vào cảnh mồ côi, cậu bé chiến đấu với kẻ sát hại cha mẹ mình nhằm cứu lấy một hành tinh và khám phá thế giới mới đầy hiểm nguy nhưng cũng hết sức diệu kỳ.