Câu chuyện xảy ra sau khi các sự kiện của Grisaia no Meikyuu. Kazami Yuuji đã bị giam giữ khi bị nghi ngờ có tham gia vào một tổ chức khủng bố quốc tế, cầm đầu là tên Heath Oslo, đã quản lý để nhập biên giới của Nhật Bản với một vũ khí mới tàn phá hủy diệt hàng loạt trong tay.
Studio Comet hình như có dự định sẽ làm phần 3 cho School Rumble, lấy tên là San Gakki. Nội dung của phần này sẽ là những sự kiện xảy ra ở học kỳ 3 trong manga (tức là tiếp nối ngay sau kết thúc Ni Gakki).
Câu chuyện xoay quanh Học viện Myojyou – một trường nội trú tư thục dành riêng cho nữ sinh. Tất cả 12 học sinh trong lớp Kurogumi của khối 10 đều là sát thủ với một mục tiêu duy nhất: Haru Ichinose. Haru quyết định sống sót bằng mọi giá cho đến khi tốt nghiệp mặc dù tính mạng của mình như ngàn cân treo sợi tóc. Tokaku Azuma là một học sinh mới chuyển đến và cũng có mục tiêu là Ichinose, thế nhưng dần dần cô lại có tình cảm với chính mục tiêu của mình.
Nhóm "Colors" là ba cô bé vui chơi cùng nhau, và các cô sẽ bảo vệ hòa bình cho thành phố của các cô. Bọn họ rất vui khi chơi cùng nhau, họ cùng nhau chơi game, giải đố, và đi vườn thú. Câu chuyện kể về cuộc sống thường nhật vui vẻ của các cô.
Người ngoài hành tinh giao dịch với Trái Đất bằng người máy EXOFRAME. Và hình như liên minh Châu Phi mới nhú đã sử dụng EXOFRAME vào chiến dịch bí mật "Outcast Brigade" (binh đoàn bị ruồng bỏ) nhằm thúc đẩy công nghệ. Hoa Kỳ cử đội đi điều tra và làm a, làm a, làm a.