Lấy bối cảnh 10 năm sau Nanoha As. Nanoha, Fate và Hayate lúc này đã là những thành viên chủ chốt của Cục quản lý Không gian và Thời gian. Họ đóng vai trò là những người hướng dẫn cho thế hệ pháp sư tiếp theo là Subaru, Tiana, Caro và Erio. Đồng thời, mọi người sẽ phải chiến đấu với kẻ thù từ Project F, chính là chương trình mà mẹ của Fate đã tham gia trước kia.
Một phù thủy tên là Elaina trên đường đi chu du khắp thiên hạ phiêu lưu. In a certain place, there was a traveler witch. Her name was Elaina.
Shana và Alastor, tiếp tục chiến đấu với những Guze no Tomogara, những kẻ đang muốn chiếm lấy Sức Mạnh Của Sự Tồn Tại từ con người. Trong trận chiến cuối cùng, Yuji đã bộc lộ là một mystes, một torch với Sức Mạnh Của Sự Tồn Tại vô hạn. Khi mà Tomogara muốn bắt Yuji và dùng cậu ta để phá vỡ sự cân bằng của thế giới, Shana quyết định bảo vệ Yuji. Sau đó Yuji đã thề chiến đấu cùng với Shana.Season 2 này tiếp tục của season 1.
Hằng năm, hoa anh đào nở rộ khắp hòn đảo Hatsunejima luôn ban điều ước của mọi người thành sự thật, đó là 1 điều bí ẩn mà vẫn chưa ai giải thích được Asakura Jun’ichi, người có khả năng nhìn thấy mọi giấc mơ của người khác khi đang ngủ, ngoài ra còn có khả năng tạo bánh ngọt loại nhỏ do bà của anh truyền lại. Rồi 1 ngày nọ, Jun’ichi thấy 1 cô gái, người bạn ấu thơ của anh, xuất hiện đứng kế bên cây hoa anh đào lớn nhất trong giấc mơ của mình. Tuy nhiên, trước khi Jun’ichi kịp khám phá người đó
Cốt truyện xoay quanh cậu học sinh Aono Tsukune học kém, thi trượt cấp III. Bỗng nhiên một ngày đẹp trời bố cậu may mắn nhặt được một lá đơn nhập học và cậu đã đến học tại Học viện Youkai. Thật không ngờ đây lại là trường học dành cho yêu quái. Ngay ngày đầu đến trường Tsukune đã gặp và có cảm tình với cô bạn xinh đẹp Moka - một nữ Vampire. Cuộc đời và số phận Tsukune chuyển sang bước ngoặt mới. Thay vì tìm cách thoát khỏi ngôi trường đáng sợ, Tsukune quyết định tiếp tục theo học để được ở lại