Câu truyện xoay quanh Nanase Haruka, một chàng trai luôn thích được ngâm mình và bơi trong dòng nước. Trước khi học hết Tiểu Học, anh tham gia một giải bơi cùng những người bạn trong CLB bơi của mình, Tachibana Makoto, Hazuki Nagisa, và Matsuoka Rin.
12000 năm trước, cuộc chiến tàn khốc giữa Aquarion và Thiên Thần Bóng Tối đã đi vào truyền thuyết... 12000 năm trôi qua, nhân loại lại phải đối mặt với những Abductor(Kẻ bắt cóc), những kẻ đến từ Chiều Không Gian Khác cũng giống như Thiên Thần Bóng Tối với mục đích là bắt cóc con người
The Kusaribe family is a family of sorcerers under the protection of the "Tree of Origins". Their princess, Hakaze Kusaribe, was the greatest sorceress of their family. But Samon Kusaribe, a member of their family seeking to resurrect the "Tree of Worlds End", a tree that opposes the "Tree of Origins" and controls the power of destruction, stuffs her into a barrel, and banishes her to a deserted island.
Câu chuyện diễn ra trong thế giới mà cả khoa học và phép thuật đều rất phát triển, và thành phố Arkham là thủ đô phát triển mạnh về phép thuật. Tuy nhiên nó đang bị đe dọa bởi một tổ chức tội phạm được gọi là Black Lodge. Master Therion - tên phù thủy mạnh nhất là trùm của tổ chức Black lodge. Hắn ta không từ bất cứ thủ đoạn nào để đạt được mục đích của mình.
Sau khi lấy được 7 viên đá truyền thuyết, Chaos Emerald , Sonic và bạn bè mình tiếp tục chiến đấu chống lại tiến sỉ xấu xa Eggman. Khoảng khắc Sonic đột nhập vào sào huyệt của Eggman, thì 7 viên đá truyền thuyết đã được thu thập và tạo ra sức mạnh tống Sonic và những người khắc vượt thời gian đến thế giới loài người.