Câu chuyện của trò chơi kết hợp nhiều cách chơi khác nhau, vì vậy người chơi phải chơi nhiều lần để tìm hiểu chuyện gì đã xảy ra và nhìn nó từ các quan điểm khác nhau. Do đó, Nó khám phá các khái niệm triết học nghiêm túc và thúc giục người chơi suy ngẫm về vị trí của họ.
Tại thành phố Judoh, Claire Leonelli được thừa kế quyền lãnh đạo nhóm Mafia "Vampire" sau cái chết của cha mình. Để giữ cho Claire và các hoạt động tội phạm khác trong tầm kiểm soát, Cục An toàn Đô thị của thành phố có đặc nhiệm Daisuke Aurora của Bộ phận Dịch vụ Đặc biệt và siêu android có mật danh "J"
Một cánh cổng từ 1 thế giới khác xuất hiện và tiếp theo sau đó là 1 cuộc xâm lăng của người ngoài hành tinh gồm những sinh vật bất khả chiến bại bước ra từ các cánh cổng . Phe bảo vệ trái đất là 1 tổ chức mang tên Border gồm các chiến binh bí ẩn sử dụng Trigger - 1 loại vũ khí của các sinh vật ngoài hành tinh để chiến đấu !!
Cuộc sống của Ayato Kamina, chàng sinh viên họa sĩ 17 tuổi, bỗng nhiên gián đoạn bởi một kẻ theo dõi bí ẩn. Những chiến đấu cơ xâm nhập thành phố và một cỗ máy lạ xuất hiện. Một cuộc hành trình nội tâm đi tìm chính mình, khám phá những bí ẩn xung quanh cô gái huyền bí Reika Mishima, sự thật về sự tồn tại của MU cũng chiến binh thiên thần RahXephon.
Truyền thuyết kể rằng, trong tương lai không xa, loài người sẽ phải đối mặt với một loại virus cực kỳ nguy hiểm. Thế giới lầm than, quốc gia loạn lạc, giữa lúc nước sôi lửa bỏng, một đấng cứu thế thằng ngốc với cái tên "Rentarou" cùng cộng sự của mình - cô bé Enju loli - sẽ xuất hiện với những khả năng bí ẩn hứa hẹn sẽ giúp loài người chống chọi lại thứ virus nguy hiểm ấy