Khi gia tộc của hắn bị một con quỷ xinh đẹp quét sạch, Taikobo trẻ tuổi nhận ra mình phụ trách dự án Houshin bí ẩn. Nhiệm vụ của nó: tìm thấy tất cả các sinh vật bất tử sống trong thế giới con người và dấu chúng đi mãi mãi. Nhưng bạn tin tưởng vào ai & mdash; và bên nào bạn thực sự đang ở trên & mdash; khi bạn đã được huấn luyện để đi săn quỷ bởi một con quỷ?
Một ngày nọ, có một thị trấn bị hủy diệt không để lại chút dấu vết gì. Người duy nhất sống sót sau trận hủy diệt ấy - và gã buôn lậu cô độc Takuya. Cùng với lá thư do cha Yuki để lại, họ đi đến thị trấn Lost mà không ngờ đến những thử thách đang chờ họ trước mắt. Những tổ chức bí ẩn, những âm mưu giấu kín đang chờ đợi Yuki và Takuya khi hai người càng tiến đến gần bí mật của Lost.
Trill, một hải quân bí ẩn được cho là có nguồn gốc từ thế giới Beyondard, được phát hiện. Và những kẻ thù kiểu quái thú mới, Zoanoroids, muốn anh ta có sức mạnh đặc biệt. Netto Hikari và Rockman phải bảo vệ người bạn mới của họ trong khi họ cố gắng tìm hiểu Trill thực sự là gì và mối liên hệ của anh ta với hai quái thú mạng huyền thoại, Grega và Faltzer.
Cốt truyện xảy ra vào 10 năm sau của Yu-Gi-Oh phần đầu. Lúc này Yugi Muto đã trở thành một tượng đài bất diệt trong làng bài ma thuật. Nhân vật chính của series là Yuki Judai, một thiếu niên đam mê bài ma thuật quyết tâm trở thành Vua đấu bài. Cậu tham dự kỳ thi tuyển vào học viện đào tạo bài thủ Duel Academy và được xếp vào nhà Osiris Red.
Kiteretsu là một cậu bé mới chỉ học tiểu học nhưng rất say mê nghiên cứu, chế tạo máy móc. Một lần, qua câu chuyện của bố, cậu tìm được những cuốn từ điển toàn giấy trắng và kính thần thông mà cụ cố Kiteretsu để lại