Câu chuyện xảy ra sau khi các sự kiện của Grisaia no Meikyuu. Kazami Yuuji đã bị giam giữ khi bị nghi ngờ có tham gia vào một tổ chức khủng bố quốc tế, cầm đầu là tên Heath Oslo, đã quản lý để nhập biên giới của Nhật Bản với một vũ khí mới tàn phá hủy diệt hàng loạt trong tay.
Kizuna Ai xuất hiện như một ngôi sao chổi trong thế giới ảo, và trở nên nổi tiếng trong chớp mắt. Sau 5 năm liên tiếp giành được Lapin Doll tại Virtual Grid Awards, cô ấy đột ngột biến mất.
Kobayakawa Sena là một cậu bé chuyên bị sai vặt lúc còn học tiểu học và trung học. Nhưng mọi thứ đã thay đổi khi cậu bắt đầu nhập học ở trường Deimon, và Hiruma - đội trưởng câu lạc bộ bóng bầu dục đã phát hiện ra khả năng đặc biệt ở cậu rất phù hợp với môn thể thao này. Hiruma đã "nhận" cậu ta vào đội bóng và đặt biệt danh cho cậu là Eyeshield 21 - một runner huyền bí có tốc độ ánh sáng. Và mọi chuyện bắt đầu từ đó.
Được thành lập vào thời Taisho, Kouka Kageki là đoàn ca kịch chỉ bao gồm những cô gái chưa kết hôn. Những vở diễn của họ đã đánh cắp trái tim của biết bao nhiêu người. Vài năm sau, học viện âm nhạc Kouka Kageki được thành lập, và chỉ những cô gái xinh đẹp mới có thể gia nhập.
Câu chuyện lẫn quẩn ở trong trường nữ sinh Fujisaki, toàn gái với gái. Mấy ẻm với cá tính đủ kiểu, và abcxyz với nhau liên tục trong Hội học sinh. Kết quả là sản sinh ra cực kỳ nhiều hình ảnh móe kinh hồn bạc vía. Và điều mấy ẻm muốn nhắm đến là "nghiên cứu tình yêu". Em main có cá tính khá hợp khẩu vị, và lời lẽ rất chi là bựa.