Một cặp vợ chồng của các nhà khoa học đã bị bắt vì tiến hành các nghiên cứu bất hợp pháp, được cho là đã thực hiện việc sửa đổi gen trên năm đứa con của họ. Cậu bé Dannis, là người duy nhất lớn lên như một con người bình thường, và đã trở thành thành viên duy nhất trong gia đình cố gắng tìm một loại thuốc để biến chúng thành người bình thường trở lại.
Dựa theo tựa game cùng tên. Câu chuyện lấy bối cảnh vào năm 2115 khi mà Nhật Bản bị chia cắt thành 2 thế giới song song với nhau. “Ranh giới vô pháp S” và “Khu hành chính Tây phương số 17″. Cả 2 phe đấu tranh cả ngày lẫn đêm để giành được vị trí “Duy nhất” trong tương lai và cho chính sự tồn tại của họ.
In the year Regild Century 1014, an entire millennium has passed since the end of the fabled Universal Century, where legends like Amuro Ray and Char Aznable ruled the battlefield as ace mobile suit pilots. The Earths surface that was once hotly contested is now mostly abandoned, with humanity preferring to live in space colonies and the surface of the moon.
Tây Tinh và Đông Tinh. Từng có một thời chúng được nối kết bằng "Long Mạch" bắc ngang qua bầu trời. Nền văn minh từng một thời thịnh vượng nay chìm trong cõi mộng, ngọn lửa tàn khốc của chiến tranh đã xé toang mọi ranh giới. Hai hành tinh chìm trong những cuộc chiến bất tận. Sự trở lại của siêu công nghệ có tên là "Thần Khí" có sức mạnh tái lập lại trật tự thế giới, nhưng không ai có thể sử dụng nó ngoài một người—"thiếu nữ dị giáo."
Justy Ueki Tylor, có cuộc sống ngoài không gian yên ổn nhưng mà nhạt nhẽo, về sau cậu này phát hiện ra 1 vụ bắt cóc và cứu được 1 ông đô đốc. Cuối cùng cuộc sống thay đổi, cậu được làm thuyền trưởng của tàu Soyokaze.. và câu chuyện tiếp diễn.