Câu chuyện nói về Nyaruko, một vị thần hỗn mang bất thể, đã biến mình thành 1 cô gái tóc bạc ngây thơ bình thường.Mahiro Yasaka là 1 học sinh cao trung bình thường, cho đến 1 ngày bình thường kia cậu bị truy đuổi bởi người ngoài hành tinh và được Nyaruko cứu.
Chakuro là nhà lưu trữ cá voi bùn qua 14 năm, một hòn đảo cực kỳ phi lý trôi nổi trên mặt biển cát vô tận. Chín trong số mười cư dân cá voi bùn đã được ban phước và bị nguyền rủa với khả năng sử dụng saimia, quyền hạn đặc biệt làm họ phải chết sớm.
Nhân vật nam chính của chúng ta thì nội công rất là thâm hậu tạo ra 1 lực hấp dẫn vô cùng lớn, như các nhà vật lý bảo... khiến cho các cô gái đẹp từ vũ trụ lũ lượt bị hút vào
Cốt truyện của Atom The Beginning diễn ra tại Nhật Bản sau một cuộc đại tai vạ. Trong thời điểm hoang tàn đó, có 2 thiên tài luôn mơ về tương lai, đó chính là Umatarou Tenma và Hiroshi Ochanomizu. Cả hai đã làm việc ngày đêm trong phòng nghiên cứu robot - Tenma tạo ra "thần" và Ochanomizu tạo ra "người bạn".
Từ xa xưa, cái ác bao trùm thế giới, mọi người sống trong sợ hãi, thế giới này được một kẻ có tên là Satan Rchimedes cai trị. Hắn xâm lược Nhân Giới bằng đội quân ma quỷ dưới trướng của mình, gây hỗn loạn ở khắp mọi nơi. Vào khoảng 1000 năm trước, mối đại họa này đã bị Dũng sĩ Creation chặn đứng. Và hòa bình đã trở lại với thế giới.