Cuộc sống của Ayato Kamina, chàng sinh viên họa sĩ 17 tuổi, bỗng nhiên gián đoạn bởi một kẻ theo dõi bí ẩn. Những chiến đấu cơ xâm nhập thành phố và một cỗ máy lạ xuất hiện. Một cuộc hành trình nội tâm đi tìm chính mình, khám phá những bí ẩn xung quanh cô gái huyền bí Reika Mishima, sự thật về sự tồn tại của MU cũng chiến binh thiên thần RahXephon.
Thế giới sẽ như thế nào nếu 80% dân số bộc phát những năng lực đặc biệt từ lúc 4 tuổi? Anh hùng và tội phạm sẽ đối đầu với nhau không ngừng nghỉ. Làm anh hùng đồng nghĩa với việc học cách sử dụng năng lực của mình, nhưng ta sẽ học ở đâu
Tiếp theo Season 1, Season 2 này sẽ đi sâu vào câu truyện về các Sister. Là những cảm xúc và hành đồng nhất thời của Mikoto Misaka khi cô phát hiện ra kế hoạch Sister. Kế hoạch được vạch ra để đưa Level 5 Accelerator lên Level 6.
3 bé moe lập ra CLB Jersey (Jersey là loại đồ bó sát người) có thể điều khiển 3 con robot được cho là có sức mạnh hủy diệt cả thế giới.
Nor là con trai của một quý tộc nhỏ với rất ít tên tuổi ngoài việc đã có cơ hội có việc làm nhưng vào hôm trước ngày đầu tiên đi làm, cậu đã bị hủy việc. Cậu sở hữu một đặc điểm hiếm có: khả năng phép thuật để tham khảo ý kiến từ các nhà hiền triết vĩ đại. Khi sử dụng khả năng này thì cậu phải chịu chứng đau đầu khủng khiếp!