Thế giới Số đã trở nên quá đông nên vị thần tối cao Yggdrasil quyết định thực hiện Project Ark với Chương Trình X diệt sạch Digimon. Chỉ những Digimon được mới được sống trong tân thế giới. Tuy nhiên có những Digimon mang trong người Kháng Thể X và sống đến tân thế giới. Nhưng Yggdrasil coi nhưng Digimon kháng thể X là kẻ ngoại đạo cần khai trừ. Giờ là lúc bắt đầu trận đánh sinh tử của Digimon với Yggdrasil.
Sự việc bắt đầu khi một người đàn ông bị bắn chết trên ngọn tháp cao Bell Tree của tập đoàn Suzuki, với một khoảng cách xa đến kinh ngạc. Tiếp theo đó là những vụ bắn tỉa chính xác và chữ ký để lại nơi tập kích luôn là chiếc vỏ đạn rỗng và quân xúc xắc có mặt ngửa với số nút biến mất dần dần
Arceus huyền thoại, bất khả chiến bại đã quay trở về Michina để đòi lại Viên Ngọc của Sự Sống. Thậm chí cả Dialga, Palkia và Giratina kết hợp cũng không thể ngăn chặn nổi sức mạnh hủy diệt của Arceus. Nhưng lần nay Ash và những người bạn sẽ có mặt để tìm ra lối thoát duy nhất.
Chuyện diễn ra sau khi Ichigo đánh bại Aizen Sousuke nhưng năng lực thần chết lẫn Hollow vẫn chưa mất hẳn. Có 1 chapter trong manga Bleach cho chúng ta thấy hình ảnh những nhân vật dưới địa ngục, nơi - mà nếu có ai từng đọc mấy tập đầu của Ichigo sẽ biết - giam giữ và trừng phạt những kẽ khi còn sống đã phạm tội quá nặng thậm chí không thể xuống thi hồn giới.
Cuộc sống hạnh phúc của Kurumi và Hal đột nhiên tan vỡ sau một vụ tai nạn máy bay. Q01 - Một người máy mang hình dáng giống Hal được gửi đến với hy vọng tìm lại ý nghĩa cuộc sống cho Kurumi. Trong suốt những ngày tháng đó, cô đã dần mở lòng mình với chàng "Hal người máy" kia. Nhưng rồi... xem phim sẽ rõ