Thời đại Văn minh đã chết, nhưng Chito và Yuuri vẫn còn sống. Vì vậy, họ ở trên chiếc xe máy Kettenkrad yêu dấu của họ và đi lang thang trên những tàn tích của thế giới mà họ từng biết. Ngày sau ngày tuyệt vọng, họ tìm kiếm bữa ăn và nhiên liệu tiếp theo cho chuyến đi của họ
Lấy bối cảnh thời chiến quốc Nhật Bản (Sengoku Jidai) bắt đầu tử khoảng giữa thế kỷ 15. Sau khi hợp lực đánh bại Quỷ Vương Nobunaga ở phần 1 , Date Masamune-Độc Nhãn Long vùng Oushuu lại một lần nữa tái đấu với với Sanada Yukimura-Tiểu Hổ vùng Kai.
Hikaru Shidou, Umi Ryuuzaki, và Fuu Hououji là những người lạ mặt mang về số phận khi họ gặp nhau trong một chuyến đi thực tế bình thường đến tháp Tokyo. Cùng với ánh sáng lóe sáng, họ nghe thấy lời kêu gọi của một người phụ nữ bí ẩn cứu Cephiro,
Các nhân vật chính là Chrono Shindo , Shion Kiba , và Tokoha Anjo …,họ tất cả đều có trong tay những lá bài,mỗi lá bài là những loài vật mà họ sử dụng để chiến đấu trong những cuộc thi với nhau và với những người bạn khác.
Một ngày nọ, có một thị trấn bị hủy diệt không để lại chút dấu vết gì. Người duy nhất sống sót sau trận hủy diệt ấy - và gã buôn lậu cô độc Takuya. Cùng với lá thư do cha Yuki để lại, họ đi đến thị trấn Lost mà không ngờ đến những thử thách đang chờ họ trước mắt. Những tổ chức bí ẩn, những âm mưu giấu kín đang chờ đợi Yuki và Takuya khi hai người càng tiến đến gần bí mật của Lost.