Chuyển thể từ manga cùng tên của tác giả Riichiro Inagaki. Lấy bối cảnh tương lai, ngày định mệnh của nhân loại đã đến, một tia sáng kì dị xuất hiện trên địa cầu khiến toàn bộ loài người hóa thành đá.
Kỷ nguyên Holy Genesis . Năm 0011. Sau thảm họa Great Catatrophe dân số nhân loại đã mất đi 2/3. Lúc này chủng tộc Shadown Angel đã tỉnh giấc sau giấc ngủ dài 12000 năm và tấn công con ngườiĐể chống lại nó con người đã sử dụng sức mạnh của Mechanical Angel AquarionQuyết định số phận của thế giới giờ nằm trong tay của
Các Pillars bất ngờ xuất hiện trên Trái đất, gây ra mối đe dọa cho tất cả các dạng sống. Hết cách để tự bảo vệ mình, nhân loại đang đứng trên bờ vực diệt vong, nhưng một vị thần tên là Odin đã cho họ một con đường để cứu rỗi.
câu chuyện kể về những biến đổi trong một tương lai không xa, con người đã thiết kế nên những trò chơi đặc biệt bằng những lá bài được gọi là “Battle Spirit” khi người chơi bắt buộc phải chấp nhận đối mặt với nhau, tính phổ biến của trò chơi này lúc đầu khá ít nhưng dần nó đã phát triển mạnh mẽ và đã trở nên phổ biển hơn trong thế giới.
câu chuyện diễn ra trên một hòn đảo, nơi một “Hệ thống Fractale” đang bắt đầu sụp đổ. Một ngày nọ, Clain tìm thấy một cô gái bị thương gọi là Phryne dưới một vách đá. Cô biến mất để lại một mặt dây chuyền. Clain đặt ra cho một cuộc hành trình với những cô gái có hình avatar Nessa để tìm Phryne và phát hiện ra bí mật của hệ thống Fractale.