Cốt truyện của Atom The Beginning diễn ra tại Nhật Bản sau một cuộc đại tai vạ. Trong thời điểm hoang tàn đó, có 2 thiên tài luôn mơ về tương lai, đó chính là Umatarou Tenma và Hiroshi Ochanomizu. Cả hai đã làm việc ngày đêm trong phòng nghiên cứu robot - Tenma tạo ra "thần" và Ochanomizu tạo ra "người bạn".
Một tương lai nơi một nguồn năng lượng Manifestor thay đổi cuộc sống con người, bỗng không lâu sau một loài kỳ lạ tên "Alone" xuất hiện. Hãy cùng theo chân Akane để tiếp tục theo dõi câu chuyện
Trước khi xóa sổ loài người khỏi thế giới, các vị thần cho họ cơ hội cuối cùng để chứng minh họ đáng được sống. Đã đến lúc Đại chiến người và thần bắt đầu!
Nor là con trai của một quý tộc nhỏ với rất ít tên tuổi ngoài việc đã có cơ hội có việc làm nhưng vào hôm trước ngày đầu tiên đi làm, cậu đã bị hủy việc. Cậu sở hữu một đặc điểm hiếm có: khả năng phép thuật để tham khảo ý kiến từ các nhà hiền triết vĩ đại. Khi sử dụng khả năng này thì cậu phải chịu chứng đau đầu khủng khiếp!
Trong hàng thập kỷ kể từ khi thế giới trở nên nhận thức được sự tồn tại của phép thuật, thế giới đã trải qua một cuộc đại loạn. Tuy nhiên, một cậu bé tên là Touta sống ẩn dật trong một thị trấn nông thôn cách xa nơi loạn lạc. Cuộc sống bình thường của cậu được chỉ bảo bởi thầy giáo dạy ma thuật và những người bạn ủng hộ ôcậu.