Một ngày nọ, ba cậu học sinh sơ trung – Kazuki Yasaka, Toi Kuji, và Enta Jinai – tình cờ gặp một sinh vật lạ có hình dáng giống kappa, tên của nó là Keppi và nó tự xưng mình là người kế thừa ngôi vị tại vương quốc Kappa.
Vào thế kỉ 21, EI-01 – một dạng sống ngoài hành tinh – xuất hiện phá hủy một tàu thăm dò ngoài quỹ đạo và rơi vào trái đất. Sau đó nó hấp thụ một số lượng lớn máy móc trên mặt đất và rồi biến mất không để lại bất kì dấu vết nào. Cũng cùng thời điểm này, 1 con sư tử máy bí ẩn tên Galeon đến trái đất cùng Mamoru, 1 cậu bé ngoài hành tinh. Galeon giao lại Mamoru cho 1 cặp vợ chồng nuôi dưỡng rồi bay đi. Sau sự việc EI-01 này chính phủ Nhật Bản thành lập 1 tổ chức bí mật để xử lý các vụ việc liên
Sau 3 tháng kể từ khi Yokohama rơi vào tình trạng hỗn loạn, quán cà phê cũng đã trở lại bình thường. Nice thì bị Art bắn, và nhóm 2 người do Hajime và Murasaki lập nên, lại tiếp tục công việc trinh thám.
Cốt truyện của Texhnolyze từ đầu đã bị làm rối một cách cố ý?! Giống như các nhân vật chính, tất cả những gì bạn có thể làm chỉ là im lặng - ngừng suy đoán để đi theo nhịp phim – nhịp tim rất chậm chạp. Họ im lặng và khóc, họ im lặng đi bên nhau, họ im lặng làm việc, họ im lặng giết chóc! Nhân vật duy nhất có thể xoay chuyển được cục diện tối tăm là một cô bé luôn mang chiếc mặt nạ giống công chúa Mononoke với khả năng nhìn thấy được tương lai – rủi thay cũng ăn mặc rất kín đáo và có đôi mắt
một trò chơi điện thoại di động từ XFLAG được phát hành vào tháng 6 năm ngoái và hệ thống này đã được cập nhật một năm sau đó vào tháng 6 này. Nó có sẵn ở Nhật Bản, Hàn Quốc, Đài Loan, Hồng Kông, Macao và Canada.