Câu chuyện diễn ra ở Long Quốc, Nonoko có nhiệm vụ bảo vệ rồng khỏi bị sâu răng. Một ngày nọ, cô phát hiện 1 người lính phe địch bất tỉnh. Tên người lính là Bell và được hồi sinh từ răng rồng. Và cũng là điềm báo sắp xảy ra 1 tai hoạ khủng khiếp. Nonoko và Bell trải qua nhiều trận chiến ác liệt và cuối cùng họ học được cách chấp nhận số phận.
Nhà phát minh thiên tài Null đã bị mất đi người chị gái thân yêu Peta trong một vụ tai nạn. Để vượt qua nỗi đau, Null đã phát triển "Peta Robo", một robot có đặc điểm giống như người chị đã mất của cô. Tuy nhiên, robot có một chút khác biệt so với những gì Null mong đợi.
Cốt truyện của Atom The Beginning diễn ra tại Nhật Bản sau một cuộc đại tai vạ. Trong thời điểm hoang tàn đó, có 2 thiên tài luôn mơ về tương lai, đó chính là Umatarou Tenma và Hiroshi Ochanomizu. Cả hai đã làm việc ngày đêm trong phòng nghiên cứu robot - Tenma tạo ra "thần" và Ochanomizu tạo ra "người bạn".
Học viện Pháp thuật Arnold là trường học dành cho giới thượng lưu... và Ray White chỉ là một chàng trai bình thường, nhà nghèo. Trên thực tế, anh dường như không quá thành thạo với ma thuật và có một chút hậu đậu.
Dựa theo tựa game cùng tên. Câu chuyện lấy bối cảnh vào năm 2115 khi mà Nhật Bản bị chia cắt thành 2 thế giới song song với nhau. “Ranh giới vô pháp S” và “Khu hành chính Tây phương số 17″. Cả 2 phe đấu tranh cả ngày lẫn đêm để giành được vị trí “Duy nhất” trong tương lai và cho chính sự tồn tại của họ.