Tiếp theo Season 1, Season 2 này sẽ đi sâu vào câu truyện về các Sister. Là những cảm xúc và hành đồng nhất thời của Mikoto Misaka khi cô phát hiện ra kế hoạch Sister. Kế hoạch được vạch ra để đưa Level 5 Accelerator lên Level 6.
Trong một thế giới nơi con người và các robot tồn tại cùng nhau, Rouge là một cô gái robot, đang thực hiện một nhiệm vụ trên Sao Hỏa cùng với đối tác của mình là Naomi. Nhiệm vụ của họ là ám sát chín người nhân tạo đối lập với chính phủ.
Cốt truyện của Atom The Beginning diễn ra tại Nhật Bản sau một cuộc đại tai vạ. Trong thời điểm hoang tàn đó, có 2 thiên tài luôn mơ về tương lai, đó chính là Umatarou Tenma và Hiroshi Ochanomizu. Cả hai đã làm việc ngày đêm trong phòng nghiên cứu robot - Tenma tạo ra "thần" và Ochanomizu tạo ra "người bạn".
Yanagi Yukito là một cô nhi - một hôm trời quang mây tạnh, cô đã gặp được một gã đệ tử kỳ dị của cha mình. Người đàn ông lạ lùng đưa cậu đến quê hương của mình trên đảo Ayakajima, gồm 7 hòn đảo với những sinh vật bí ẩn được gọi là "Mitama" và cũng tại đây được đồn đại cho rằng có rồng sinh sống.
Karen Kohiruimaki luôn luôn cảm thấy muốn rời khỏi thế giới thực. Do chiều cao quá cao của mình, cô ấy cảm thấy khó có thể kết bạn với những cô gái khác cùng tuổi của cô ấy. Mọi thứ thay đổi khi cô được giới thiệu tới VR và Gun Gale Online. Trong GGO, Karen được tự do chọn avatar dễ thương, chibi của những giấc mơ của mình! Karen có thể tìm thấy tình bạn trong MMO bắn súng này ...?