Sau 3 tháng kể từ khi Yokohama rơi vào tình trạng hỗn loạn, quán cà phê cũng đã trở lại bình thường. Nice thì bị Art bắn, và nhóm 2 người do Hajime và Murasaki lập nên, lại tiếp tục công việc trinh thám.
Hinata Shouyou - anh main, sau khi xem xong 1 trận bóng chuyền nọ, đã thần tượng và mơ ước trở thành "Người khổng lồ tí hon", và gia nhập đội bóng chuyền của trường trung học. Sau khi tìm đủ thành viên, họ đã tham gia giải đấu liên trường, tại đây họ đã chạm trán với "Vua sân đấu" Kageyama Tobio và bị dập cho tả tơi. Dù thua nhưng Shouyou vẫn quyết tâm lên top và trả đũa Kageyama.
Mong có được kỹ năng cần thiết để vượt qua người cha hùng mạnh, Baki đến Nhà tù bang Arizona và giao đấu với tên tù nhân khét tiếng mang danh "Phá Xích".
Câu chuyện sẽ kéo dài trong 1 thế kỷ và 3 thế hệ của Gundam Pilots. Vào năm A.G. (Advanced Generation) 101 — vài trăm năm sau khi con người có thể di trú ra những colony ngoài vũ trụ — Unknown Enemy [ Kẻ thù chưa được biết đến ] (UE) bất ngờ tấn công vào colony Angel và phá hủy nó. Thảm họa gây nên cái chết của vô số người đã được biết đến sau đó là "The Day the Angel Fell From the Skies." [ Ngày mà những thiên thần rơi xuống từ bầu trời ] 7 năm sau, cuộc chiến với UE xảy ra tại 1 colony yên
một game hành động trực tuyến và chiến đấu trong thời gian thực 3D có chứa cô gái chiến đấu cao gần 38 mét. Người chơi sẽ vào vai trò của chỉ huy các đơn vị các cô gái Ragnastrikers để chiến đấu chống lại một kẻ thù bí ẩn tên là Fiaremu.